Package org.jmol.api

Interface JmolAnnotationParser

    • Method Summary

      All Methods Instance Methods Abstract Methods 
      Modifier and Type Method Description
      java.lang.String calculateDSSRStructure​(Viewer vwr, BS bsAtoms)  
      java.lang.String catalogStructureUnits​(Viewer vwr, SV svMap, int[] modelAtomIndices, java.util.Map<java.lang.String,​int[]> resMap, java.lang.Object object, java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Integer> modelMap)  
      javajs.util.Lst<java.lang.Object> catalogValidations​(Viewer vwr, SV validation, int[] modelAtomIndices, java.util.Map<java.lang.String,​int[]> valResMap, java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Integer> map, java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Integer> modelMap)  
      void fixAtoms​(int modelIndex, SV v, BS bsAddedMask, int type, int margin)  
      java.lang.String fixDSSRJSONMap​(java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> map)  
      java.lang.String getAnnotationInfo​(Viewer vwr, SV a, java.lang.String match, int type, int modelIndex)  
      BS getAtomBits​(Viewer vwr, java.lang.String key, java.lang.Object dssr, java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> cache, int type, int modelIndex, BS bsModel)  
      javajs.util.Lst<java.lang.Float> getAtomValidation​(Viewer vwr, java.lang.String type, Atom atom)  
      void getBasePairs​(Viewer vwr, int modelIndex)  
      java.lang.String getHBonds​(ModelSet ms, int modelIndex, javajs.util.Lst<Bond> vHBonds, boolean doReport)  
      javajs.util.Lst<SV> initializeAnnotation​(SV objAnn, int type, int modelIndex)  
      void setGroup1​(ModelSet ms, int modelIndex)  
    • Method Detail

      • fixDSSRJSONMap

        java.lang.String fixDSSRJSONMap​(java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> map)
      • getAtomBits

        BS getAtomBits​(Viewer vwr,
                       java.lang.String key,
                       java.lang.Object dssr,
                       java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> cache,
                       int type,
                       int modelIndex,
                       BS bsModel)
      • getBasePairs

        void getBasePairs​(Viewer vwr,
                          int modelIndex)
      • getHBonds

        java.lang.String getHBonds​(ModelSet ms,
                                   int modelIndex,
                                   javajs.util.Lst<Bond> vHBonds,
                                   boolean doReport)
      • calculateDSSRStructure

        java.lang.String calculateDSSRStructure​(Viewer vwr,
                                                BS bsAtoms)
      • getAnnotationInfo

        java.lang.String getAnnotationInfo​(Viewer vwr,
                                           SV a,
                                           java.lang.String match,
                                           int type,
                                           int modelIndex)
      • catalogValidations

        javajs.util.Lst<java.lang.Object> catalogValidations​(Viewer vwr,
                                                             SV validation,
                                                             int[] modelAtomIndices,
                                                             java.util.Map<java.lang.String,​int[]> valResMap,
                                                             java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Integer> map,
                                                             java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Integer> modelMap)
      • initializeAnnotation

        javajs.util.Lst<SV> initializeAnnotation​(SV objAnn,
                                                 int type,
                                                 int modelIndex)
      • getAtomValidation

        javajs.util.Lst<java.lang.Float> getAtomValidation​(Viewer vwr,
                                                           java.lang.String type,
                                                           Atom atom)
      • fixAtoms

        void fixAtoms​(int modelIndex,
                      SV v,
                      BS bsAddedMask,
                      int type,
                      int margin)
      • catalogStructureUnits

        java.lang.String catalogStructureUnits​(Viewer vwr,
                                               SV svMap,
                                               int[] modelAtomIndices,
                                               java.util.Map<java.lang.String,​int[]> resMap,
                                               java.lang.Object object,
                                               java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Integer> modelMap)
      • setGroup1

        void setGroup1​(ModelSet ms,
                       int modelIndex)