Class MolReader

    • Field Detail

      • optimize2D

        private boolean optimize2D
      • haveAtomSerials

        private boolean haveAtomSerials
      • dimension

        protected java.lang.String dimension
      • allow2D

        protected boolean allow2D
      • iatom0

        private int iatom0
    • Constructor Detail

      • MolReader

        public MolReader()
    • Method Detail

      • checkLine

        protected boolean checkLine()
                             throws java.lang.Exception
        Overrides:
        checkLine in class AtomSetCollectionReader
        Returns:
        true if need to read new line
        Throws:
        java.lang.Exception
      • finalizeReaderMR

        protected void finalizeReaderMR()
                                 throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • processMolSdHeader

        private void processMolSdHeader()
                                 throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • processCtab

        private void processCtab​(boolean isMDL)
                          throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • readAtomsAndBonds

        private void readAtomsAndBonds​(int ac,
                                       int bc)
                                throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • addMolAtom

        public void addMolAtom​(int iAtom,
                               int isotope,
                               java.lang.String elementSymbol,
                               int charge,
                               float x,
                               float y,
                               float z)
      • fixOrder

        public int fixOrder​(int order,
                            int stereo)
      • addMolBond

        public void addMolBond​(java.lang.String iAtom1,
                               java.lang.String iAtom2,
                               int order,
                               int stereo)